当事者系(Inter partes)再審査制度は、従来の査定系再審査制度が、その特許を無効にしたい第三者のためにうまく機能していないことの批判を受けて１９９９年の法改正で導入された制度でした。特徴は、査定系再審査と比較して、請求人の再審査への関与が担保されていました。また、この当事者系再審査で使った先行技術は後の侵害訴訟等での特許無効の主張に使えないとされていたことから、この当事者系再審査の手続きは、本気でやる場合には、訴訟とかなり近い手間と費用がかかるといわれていました。
当事者系再審査制度においては、請求人の不服申し立て手段として、特許庁の審判部へのアピールが認められていますが、裁判所への出訴は認められていませんでした。
