マドリッドプロトコルは、本国出願又は登録を基礎として、マドリッドプロトコル加盟国において商標を登録するシステムです。出願は本国である日本特許庁に行い、日本特許庁を経由して、世界知的所有権機関（WIPO)の国際事務局に出願されます。その際に、商標を登録したい国を条約加盟国の中から指定します。国際事務局で国際登録されると、国際事務局が指定された各国官庁に通知し、それらの国々で審査が行われます。審査の後、保護認容声明が発せられると、各国で登録されるのと同様の保護が与えられます。
このシステムのメリットとしては、以下のようなものがあります。
（１）一つの出願で複数の国に出願ができます。
日本特許庁（本国）に出願すれば、登録を希望する国を指定するだけで、国際事務局を通じてそれぞれの指定国の官庁に通知がなされ、手続きがスムーズに行われます。国別に出願する場合は、各国の代理人を通じて手続きを行わなければなりませんので、マドプロのシステムを利用すると、こうした手間が省けます。
（２）出願費用が削減できます。
国別に出願する場合は、出願書類をそれぞれの言語で作成する必要がありますので、翻訳料が発生します。また各国法の法令に従って手続きを行わなければならないので、現地代理人を選任することになります。しかし、マドプロのシステムで出願する場合は、これらの現地代理人を選定しなくて良く、また出願は英語のみで行えますので、各国の代理人費用と翻訳料が節減できることになります。
（３）登録までにかかる期間が予測できます。
指定国官庁は、拒絶理由の通知を1年又は18ヶ月以内に行わなければならないことになっているので、出願から登録までにかかる期間がほぼ予測できます。国別の出願では、各国毎に審査期間が異なる為、出願から登録までにかかる期間が様々で、予測が困難です。
（４）更新手続きが一括して行えます。
更新等の手続きは国際事務局で一括して行え、各国毎にする必要はありません。国別に出願登録された場合は、当然国別に更新手続きをしなければなりません。また、国毎に審査期間が異なるため、登録日も異なりますし、権利期間の起算日が異なることもありますので、更新期限が国毎に異なります。従って、期限管理の負担もマドプロに比べるとはるかに大きいです。
デメリットとしてはセントラルアタックがあります。つまり国際登録してから5年間は登録が本国出願又は登録に従属しているので、本国出願又は登録が拒絶、取り下げ、放棄又は無効になった場合、国際登録も取り消されます。この場合、国際登録取り消し後3ヶ月以内であれば、出願人は指定国毎の国内出願に変更することができます。その場合、国際登録日に出願が行われたものとみなされます。
