出願にかかる費用は、日本特許庁(本国官庁)へ支払う手数料と、国際事務局へ支払う手数料があります。
国際事務局へ支払う費用に関しては、基本手数料に加えて、指定国の数が増えるごとに付加手数料が加算され、商品/サービスの国際分類の数が3区分を超えると1区分増加ごとに追加手数料が加算されます。
また、個別に手数料を定めている国もあり、それらの国のみを指定した場合には、付加手数料と追加手数料はかかりません。基本手数料と個別の手数料を支払うことになります。
詳しい手数料に関しては、日本特許庁のホームページにある「マドリッドプロトコル国際出願関係手数料」をご覧ください。
http://www.jpo.go.jp/cgi/link.cgi?url=/tetuzuki/t_shouhyou/kokusai/madopro_syutugan_fee.htm